台灣海洋細菌的研究 (7) 細菌鑑定之脂肪酸分析(一)

細胞脂肪酸與分類學

傳統細菌分類法,不外以細菌形態、生理與生化及生態等特徵加以分類。但隨著知識和技術的快速累積,細菌學者注意到不同類別的細菌,其細胞內分子階層各物質(如核酸、脂質、蛋白質等)之異同,而有遺傳分析(genetic analysis),血清學(serology),化學分類(chemotaxonomy)等方法為學界所應用,使細菌分類之客觀性大幅提昇。

細胞脂肪酸的組成分析係化學分類法之重要項目之一,它在細菌鑑定及辨種上非常有用,有報告指出利用脂肪酸之組成分來歸類菌種,其效果與利用核酸雜交方法來歸類相似(Costas et al. 1992),不論是常溫細菌(Bertone et al. 1996; Veys et al. 1989)或好熱性細菌(Danato et al. 1990; Tindal 1991),都可利用此方法進行明確及快速鑑定。由於分析技術改良,及商業自動化流程的建立,由抽取全細胞脂肪酸到完成分析,僅耗費很短時間(Moss 1990),因此它已成為細菌鑑種的必要項目。


脂肪酸與細胞膜之關係

細胞膜是細菌管制營養及代謝廢物進出細胞之門徑,並身兼感應外部訊息之工作,以傳遞訊息使細胞對環境之壓力(stress)有所回應,做出適當之調適。細胞膜之流動性影響許多發生在膜上的重要生化反應,而脂質是決定膜流動性之關鍵角色,其中脂質之脂醯基鏈( fatty acyl chain)之形態、固醇(sterol)量多寡、磷酸脂親水性頭端(polar head-groups of phospholipids)的性質等因子均與膜流動性的維持有密切關係(Russell 1989),此三者中,以脂醯基鏈(即是脂肪酸)之型態於決定細胞膜脂質的物化特性上扮演特別重要的角色。

影響細菌細胞脂肪酸組成變化的因子

1.  溫度
溫度是影響細菌生存的重要因子,許多細菌可藉由溫度適應機制(thermo-adaptation mechanism)調整細胞內部功能及改變成分,諸如:製造溫度誘發蛋白質(temperature-induced protein)(Wu and Welker 1991; Trent et al. 1994)、改變營養需求(Campbell and Williams 1953)等,使細菌能順利度過不適宜的環境。而細菌為因應溫度變化,亦會改變細胞膜上脂肪酸組成比例,藉此維持膜的流動性及功能,已有證據顯示脂肪酸之改變影響到細胞膜上酵素之調控(Brenner 1984),而細胞膜之脂質種類變化亦被認為是生物生存在高溫的重要憑藉(Ratledge and Boulton 1985)。一般而言,微生物傾向於環境溫度升高時增加細胞膜上飽和及長鏈脂肪酸之比例,在溫度降低時不飽和及支鏈狀(特別是anteiso)比例增加,亦即藉著細胞膜熔點改變,使其流動性得以適度的調節(Cronan and Gelmann 1975; Hasegawa et al.1980; Russell 1983; Suutari & Laakso, 1992)

2.  鹽度 (NaCl)
大部分能生存於高滲透壓環境之生物,將低分子量的物質聚集在內部以平衡細胞膜所受到之滲透壓(Yancey et al. 1982),其中利用有機物調整細胞內部膨壓的報告已散見於有關細菌、藍綠菌、真菌、藻類及酵母等之研究上(Ben-Amotz and Avron 1983; Csonka 1989; Hagemann et al. 1987; Hocking 1986; Meikle et al. 1988)。抵抗滲透壓最直接之方式是改變細胞膜上脂質之組成,在許多耐鹽及好鹽性細菌細胞,由NaCl誘發細胞膜脂質組成改變,使細菌在高滲透壓環境中得以控制離子之穿透力,得以維持細胞之完整性(Hiramatsu et al. 1980),而改變膜上脂質之最佳方式則為轉換其脂醯基鏈(脂肪酸)之種類(Russel and Kogut 1985)。細胞脂肪酸組成因培養基之NaCl之濃度改變而產生變化者發生在許多耐鹽性及好鹽性細菌(Hanna et al. 1984; Monteoliva-Sanchez et al. 1987)

3.  培養基
常溫細菌細胞膜脂肪酸之種類組成和比例易隨各種培養條件而發生變化(Adams & Russell, 1992; Suutari & Laakso, 1992)

4.  增殖期(growth phase)
細菌在不同增殖期時,其細胞脂肪酸組成會有不同程度之變化(Nordstrom 1992; Ratledge and Boulton 1985)

脂肪酸分析技術

取在最適培養條件下剛達穩定期之菌液,離心後,將菌體凍乾,然後以多種有機溶劑萃取出細菌細胞膜上之脂肪酸。萃取方法主要依據Suutari et al. (1990)Moss (1990)的方法再略加修改,其詳細步驟如流程圖所示。獲得之脂肪酸衍生物萃取液則以氣相層析儀(Gas Chromatography, GC)分析脂肪酸之種類組成及比例,其儀器配備及分析條件如下:

儀器配備
氣相層析儀: Shimadzu GC-14A
積分儀: Chromatopac C-R6A
管柱: fused silica capillary BP-70 column (SGE, 25 m×0.25 mm i.d., 0.25 mm film thickness)

分析條件
攜帶氣體:He (流速為4 ml/min)
注射口:100℃。
火焰-離子偵測器(Flame-Ion Detector)250℃。
管柱溫度:100℃維持1分鐘,再以每分鐘昇高 5℃ 之速率加溫至220℃,於220℃下維持8分鐘。

(待續.....)

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台灣海洋細菌的研究之番外篇(6).青青校樹之種樹篇


十年樹木,百年樹人!   千年成精耶?


  3/12是國訂植樹節,在那個有點遙遠的年代,許多的公家或私人單位都會舉辦植樹活動,若是重要人物所栽種者,下屬皆會為其立牌記念。然後,這些樹的興衰會與栽種官員形成一種聯結,而變成民間茶餘飯後的話題。其實,這不過是馬屁文化的展現而已。

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        甲戍春三月假日,離鄉背井的歹命人末學與學弟在實驗室做些無聊的瑣事,家住台北的學妹於午間也出現,告知學校森林系正在發送樹苗。問日:要不要來種種樹啊?(OS:原來植樹節到了啊!) 商討後,何不學學一些名人們種樹立碑的手法,搞不好日後咱幾個成名了,這親手栽種的樹木,會跟著紅了。決定要種,但種在哪兒?剛好本所新館正門龍邊有個小空地,就種在此處囉!當然學長出張嘴,學弟、妹們便去領樹苗了。總共領回四棵樹苗(這數目當然不是個吉數,也注定日後必有損也!),計有楓香、羊蹄甲、白雞油(光蠟樹)、樟樹。於是自新館大門起算,依次將這四棵樹苗種下。

        末學最愛的楓香並過那年長長的夏天,而與世別矣。為什麼會喜歡楓香,其實道理很簡單,只要住過研一舍,而且每天騎腳踏車經過農化系和女五舍間的小路,你會愛上那種與楓香對話的感覺。可惜的是農化系旁的楓香被行政體系破壞了,已不復當年的榮景。



現在農化系旁的楓香成現在這種鳥樣子?唉....
(孤狗截圖,不忍再去探訪!)

        楓香枯萎後的某一天,三樓化學組的師生在其位置種了芒果,後來又出現了桑樹等。數年後,舊地重遊,苗已成木,而且枝葉扶疏、綠意盎然。心想再過個幾年,未學的姪子輩若成為校友時,一定要帶他來看一看,阿伯親自參與所種植的樹木,但這願望是否能實現,好像都不是操之在我。

 
十多年後樹苗變成了樹木,但卻遮蔽了新館望向醉月湖的視野。
   
        戊戌年,大事不妙矣!茂密的樹木不見了,羊蹄角和樟樹己遭砍除,感覺天空是開了,新館視野是變亮了,但末學的心卻暗了!無怪乎,末學恩師謝教授常常抱怨 “學校行政管理者的腦筋真的很差勁,樹長的好好的,為什麼要去砍除它?難道他們不知道,要長成這般大小的材積是要多少年啊!馬鹿(謝教授雖是留日滴,但他不會講這兩字,末把它寫出代表教授的氣憤程度)…!”。有好幾次謝教授碰到校工在砍樹,都會當場質問他們,並透過管道想要制止”砍樹”這種愚蠢的行為,但結果都是令人沮喪的。

 
這棵白雞油是目前僅存者,希望它可以支撐到未學姪子
考上,成了他爸、媽的學弟後,由末學指引他來參觀。




後記:
  當年訪過許多大學,就屬耶林大道最吸引末學了。前輩曾提起,耶林大道是根據易理所設計的,所以不管是那個政府執政,台大的地位是難以撼動,台灣學界永遠的難波萬。二十世紀末,台灣陸續新設立了許多大學,其中有仿台大椰林大道設計者,但終不過是狗尾續貂罷了,其校運如何,就不得而知囉。

科學農業 -- 智慧型灌溉 (台南官田區)

台灣的降雨時間分配顯著不均,豐枯季分明,使得水資源調配不易。依目前氣候變遷之情勢觀察,近十餘年有年平均降雨量呈現旱、澇加劇及頻 繁 的現象,且不確定性增高,影響農業灌溉用水之營運甚鉅。 台灣農業用水包括灌溉、養殖及畜牧等三項。早期之農業用水係以水稻灌溉為主,惟 ...