Alterococcus agarolyticus 做引子, 談談台灣海洋細菌的研究. (1)

寫在之前....

台灣海洋細菌的分類研究,相較於歐、美、日等先進國家是發展較晚的。公元1989年二月,末學恩師台大海洋研究所謝文陽教授自日本返國任教,才算是正式開啟台灣的相關研究。草創時期總是較艱辛的,不外是經費和分析工具的不足,這也是新穎菌種發表功虧一簣的主要原因。公元1998年,由末學與教授正式在期刊發表了台灣第一株代表新屬、新種的海洋細菌 Alterococcus agarolyticus,才算正式搭上了細菌分類的列車。公元2000年後,海洋細菌的研究跨入百家爭鳴的階段,也引發許多新國家的興趣,亞洲的中國與南韓有多組團隊投入這個領域,當然也成為我們的競爭的對手 (Why?此容我暫略)。這十多年來打了一場美好的戰役,實驗室發表了九個新屬的菌種,但隨著教授今年榮退,這數字相信再也不會增加了,這亦是末學想提筆記錄的原因之一。

 Alterococcus agarolyticus  從那來的?

一九八O年代起,深海熱泉的菌種相繼被發現,這個主題儼然成為當時細菌界的顯學。台灣有没有能力做?没!没!没!....没工具、没經費、没經驗....那....有没有替代方案?  啊....台灣有個綠島海濱鹹水溫泉(世界唯三),剛好略沾上邊(當時龜山島地熱噴孔還没人理它!這個以後再來談!)。我們家老大(謝教授)洞察此情,就帶著鋼盔衝了,也就順理成了末學的研究重心了....




西元1996年的溫泉區全景



當年的帥哥研究生在採樣(頭上那一頂是俊國熊,但當時是象迷哦!)

樣本取回後開始培養 (要培養來自溫泉的高溫菌當然要有一些秘技!),發現會分解洋菜膠的菌株,這引起了末學極大興趣,於是將它純化分離,進一步要拆解它的一些生理、生化功能。
經染色的洋菜膠培基,菌落位於透明凹陷處。

電顯照 (它很難染色,這是比較好的照片!)
該做的都做了!......就差16S rRNA基因定序!但没人做過!?
誰來教?   感謝台大BBS生物版的隠士,指引了明路,完成定序,並把系統樹畫好...


Alterococcus agarolyticus  在演化上是極為特殊的一個分枝

下一步就是投稿!等待的日子總是難熬地....但難題又出現了!
回函:請做切片,做為判斷是革蘭氏陰性或陽性的證據。啊....我們不是染色了嗎?  
Reviewer認為:球菌大多是陽性,請切片證明!  {哇哩咧...誰規定球菌一定是陽性。  海洋細菌(好鹽的哦)幾乎都是陰性啦!切片誰會啊.....?}
還好,朋友不少,就生出了照片....


陰性菌的細胞壁 (紀念友人湯致遠)


光學顯微鏡下的球菌
總結:
Alterococcus agarolyticus

  • Verrucomicrobia
  • Gram-negative Cocci
  • Motile
  • Facultatively anaerobic
  • Slightly Thermophilic  (38-58°C, optimum 48°C)
  • Slightly Halophilic (1-3% NaCl )
  • Agarolytic
  • CJM  1998




遺珠之憾! (具有脫氮能力的高溫細菌,達65度以上,但未能發表....)
西元1988年CJM刊出了此菌,也成為台灣第一株正式學術發表新屬新種的海洋細菌。但...緊接著末學也去數饅頭了!(待續..)


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