台灣海洋細菌的研究 (7) 細菌鑑定之脂肪酸分析(二)


誠如上回所言,影響細菌脂肪酸組成比例的因素很多,因此要利用它來進行菌株間分類鑑定的比對依據時,必須注意到培養條件的一致性。2010年前,論文審查者大多不太關心上述的問題,但因為工具和標準菌株的取得便利化以後,投稿人進行新菌種發表時,若要將脂肪酸列為主要比對項目,那麼,他們勢必要取得標準菌株,然後在相同培養條件,分析出菌株的脂肪酸組成,以利比對。



1. 這是由本團隊2012年所發表的新型菌種Kangiella taiwanensis
與其它標準菌株的脂肪酸組成分比較。


脂肪酸萃取方法

細菌脂肪酸的取得係採用全細胞萃取法,即是除了細胞膜上的脂肪酸外,也會將細胞質中的脂肪酸一併取出。過去會為了定量先將細胞冷凍乾燥後,再行萃取,但後來因技術精進,便自平板培養基上刮取菌體,直接進行萃取脂肪酸,較早的萃取方法如圖一所示。


1 細菌細胞脂肪酸萃取步驟。

商業化的分析工具


Microbial IDentification Inc (MIDI) 成立於1991年,該公司開發了一套以細菌脂肪酸為鑑定依據的系統,依據其標準作業程序,收集並萃取出細胞脂肪酸,置入全自動化的GLC中,透過其資料庫比對分析,即可快速比對出未知分離株的近似種類;若是進行新菌種的脂肪酸組成分析,該系統亦會提供詳細的資料給使用者。
 
2. MIDI所提供的脂肪酸標準化步驟。(詳細可至該公司網站下載資料。)
 



後記:
早在二十多年前,台灣已經引進此系統,畢竟它的價格並不是一般的實驗室可以負擔,因此,食品工業發展研究所( FIRDI: Food Industry Research and Development Institute)轄下生物資源保存及研究中心 (Bioresource Collection and Research Center)提供商業化的代工服務,如果有需要可逕洽該單位。

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台灣海洋細菌的研究 (7) 細菌鑑定之脂肪酸分析(一)

細胞脂肪酸與分類學

傳統細菌分類法,不外以細菌形態、生理與生化及生態等特徵加以分類。但隨著知識和技術的快速累積,細菌學者注意到不同類別的細菌,其細胞內分子階層各物質(如核酸、脂質、蛋白質等)之異同,而有遺傳分析(genetic analysis),血清學(serology),化學分類(chemotaxonomy)等方法為學界所應用,使細菌分類之客觀性大幅提昇。

細胞脂肪酸的組成分析係化學分類法之重要項目之一,它在細菌鑑定及辨種上非常有用,有報告指出利用脂肪酸之組成分來歸類菌種,其效果與利用核酸雜交方法來歸類相似(Costas et al. 1992),不論是常溫細菌(Bertone et al. 1996; Veys et al. 1989)或好熱性細菌(Danato et al. 1990; Tindal 1991),都可利用此方法進行明確及快速鑑定。由於分析技術改良,及商業自動化流程的建立,由抽取全細胞脂肪酸到完成分析,僅耗費很短時間(Moss 1990),因此它已成為細菌鑑種的必要項目。


脂肪酸與細胞膜之關係

細胞膜是細菌管制營養及代謝廢物進出細胞之門徑,並身兼感應外部訊息之工作,以傳遞訊息使細胞對環境之壓力(stress)有所回應,做出適當之調適。細胞膜之流動性影響許多發生在膜上的重要生化反應,而脂質是決定膜流動性之關鍵角色,其中脂質之脂醯基鏈( fatty acyl chain)之形態、固醇(sterol)量多寡、磷酸脂親水性頭端(polar head-groups of phospholipids)的性質等因子均與膜流動性的維持有密切關係(Russell 1989),此三者中,以脂醯基鏈(即是脂肪酸)之型態於決定細胞膜脂質的物化特性上扮演特別重要的角色。

影響細菌細胞脂肪酸組成變化的因子

1.  溫度
溫度是影響細菌生存的重要因子,許多細菌可藉由溫度適應機制(thermo-adaptation mechanism)調整細胞內部功能及改變成分,諸如:製造溫度誘發蛋白質(temperature-induced protein)(Wu and Welker 1991; Trent et al. 1994)、改變營養需求(Campbell and Williams 1953)等,使細菌能順利度過不適宜的環境。而細菌為因應溫度變化,亦會改變細胞膜上脂肪酸組成比例,藉此維持膜的流動性及功能,已有證據顯示脂肪酸之改變影響到細胞膜上酵素之調控(Brenner 1984),而細胞膜之脂質種類變化亦被認為是生物生存在高溫的重要憑藉(Ratledge and Boulton 1985)。一般而言,微生物傾向於環境溫度升高時增加細胞膜上飽和及長鏈脂肪酸之比例,在溫度降低時不飽和及支鏈狀(特別是anteiso)比例增加,亦即藉著細胞膜熔點改變,使其流動性得以適度的調節(Cronan and Gelmann 1975; Hasegawa et al.1980; Russell 1983; Suutari & Laakso, 1992)

2.  鹽度 (NaCl)
大部分能生存於高滲透壓環境之生物,將低分子量的物質聚集在內部以平衡細胞膜所受到之滲透壓(Yancey et al. 1982),其中利用有機物調整細胞內部膨壓的報告已散見於有關細菌、藍綠菌、真菌、藻類及酵母等之研究上(Ben-Amotz and Avron 1983; Csonka 1989; Hagemann et al. 1987; Hocking 1986; Meikle et al. 1988)。抵抗滲透壓最直接之方式是改變細胞膜上脂質之組成,在許多耐鹽及好鹽性細菌細胞,由NaCl誘發細胞膜脂質組成改變,使細菌在高滲透壓環境中得以控制離子之穿透力,得以維持細胞之完整性(Hiramatsu et al. 1980),而改變膜上脂質之最佳方式則為轉換其脂醯基鏈(脂肪酸)之種類(Russel and Kogut 1985)。細胞脂肪酸組成因培養基之NaCl之濃度改變而產生變化者發生在許多耐鹽性及好鹽性細菌(Hanna et al. 1984; Monteoliva-Sanchez et al. 1987)

3.  培養基
常溫細菌細胞膜脂肪酸之種類組成和比例易隨各種培養條件而發生變化(Adams & Russell, 1992; Suutari & Laakso, 1992)

4.  增殖期(growth phase)
細菌在不同增殖期時,其細胞脂肪酸組成會有不同程度之變化(Nordstrom 1992; Ratledge and Boulton 1985)

脂肪酸分析技術

取在最適培養條件下剛達穩定期之菌液,離心後,將菌體凍乾,然後以多種有機溶劑萃取出細菌細胞膜上之脂肪酸。萃取方法主要依據Suutari et al. (1990)Moss (1990)的方法再略加修改,其詳細步驟如流程圖所示。獲得之脂肪酸衍生物萃取液則以氣相層析儀(Gas Chromatography, GC)分析脂肪酸之種類組成及比例,其儀器配備及分析條件如下:

儀器配備
氣相層析儀: Shimadzu GC-14A
積分儀: Chromatopac C-R6A
管柱: fused silica capillary BP-70 column (SGE, 25 m×0.25 mm i.d., 0.25 mm film thickness)

分析條件
攜帶氣體:He (流速為4 ml/min)
注射口:100℃。
火焰-離子偵測器(Flame-Ion Detector)250℃。
管柱溫度:100℃維持1分鐘,再以每分鐘昇高 5℃ 之速率加溫至220℃,於220℃下維持8分鐘。

(待續.....)

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台灣海洋細菌的研究之番外篇(6).青青校樹之種樹篇


十年樹木,百年樹人!   千年成精耶?


  3/12是國訂植樹節,在那個有點遙遠的年代,許多的公家或私人單位都會舉辦植樹活動,若是重要人物所栽種者,下屬皆會為其立牌記念。然後,這些樹的興衰會與栽種官員形成一種聯結,而變成民間茶餘飯後的話題。其實,這不過是馬屁文化的展現而已。

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        甲戍春三月假日,離鄉背井的歹命人末學與學弟在實驗室做些無聊的瑣事,家住台北的學妹於午間也出現,告知學校森林系正在發送樹苗。問日:要不要來種種樹啊?(OS:原來植樹節到了啊!) 商討後,何不學學一些名人們種樹立碑的手法,搞不好日後咱幾個成名了,這親手栽種的樹木,會跟著紅了。決定要種,但種在哪兒?剛好本所新館正門龍邊有個小空地,就種在此處囉!當然學長出張嘴,學弟、妹們便去領樹苗了。總共領回四棵樹苗(這數目當然不是個吉數,也注定日後必有損也!),計有楓香、羊蹄甲、白雞油(光蠟樹)、樟樹。於是自新館大門起算,依次將這四棵樹苗種下。

        末學最愛的楓香並過那年長長的夏天,而與世別矣。為什麼會喜歡楓香,其實道理很簡單,只要住過研一舍,而且每天騎腳踏車經過農化系和女五舍間的小路,你會愛上那種與楓香對話的感覺。可惜的是農化系旁的楓香被行政體系破壞了,已不復當年的榮景。



現在農化系旁的楓香成現在這種鳥樣子?唉....
(孤狗截圖,不忍再去探訪!)

        楓香枯萎後的某一天,三樓化學組的師生在其位置種了芒果,後來又出現了桑樹等。數年後,舊地重遊,苗已成木,而且枝葉扶疏、綠意盎然。心想再過個幾年,未學的姪子輩若成為校友時,一定要帶他來看一看,阿伯親自參與所種植的樹木,但這願望是否能實現,好像都不是操之在我。

 
十多年後樹苗變成了樹木,但卻遮蔽了新館望向醉月湖的視野。
   
        戊戌年,大事不妙矣!茂密的樹木不見了,羊蹄角和樟樹己遭砍除,感覺天空是開了,新館視野是變亮了,但末學的心卻暗了!無怪乎,末學恩師謝教授常常抱怨 “學校行政管理者的腦筋真的很差勁,樹長的好好的,為什麼要去砍除它?難道他們不知道,要長成這般大小的材積是要多少年啊!馬鹿(謝教授雖是留日滴,但他不會講這兩字,末把它寫出代表教授的氣憤程度)…!”。有好幾次謝教授碰到校工在砍樹,都會當場質問他們,並透過管道想要制止”砍樹”這種愚蠢的行為,但結果都是令人沮喪的。

 
這棵白雞油是目前僅存者,希望它可以支撐到未學姪子
考上,成了他爸、媽的學弟後,由末學指引他來參觀。




後記:
  當年訪過許多大學,就屬耶林大道最吸引末學了。前輩曾提起,耶林大道是根據易理所設計的,所以不管是那個政府執政,台大的地位是難以撼動,台灣學界永遠的難波萬。二十世紀末,台灣陸續新設立了許多大學,其中有仿台大椰林大道設計者,但終不過是狗尾續貂罷了,其校運如何,就不得而知囉。

台灣SRI(水稻強化栽培系統)發展及推廣

台灣SRI 引進與發展


 西元2010年,時任社團法人國際灌溉排水協會中華民國國家委員會(Chinese Taipei Committee on Irrigation and Drainage,簡稱CTCID)主席莊光明先生,率團參與國際灌溉排水協會(International Commission on Irrigation and Drainage,簡稱ICID))印尼大會後,決定將SRI新觀念引進國內。同年,並促成美國SRI 主席Norman Uphoff 博士(美國康乃爾大學教授)、日本SRI 主席山路永司Eiji Yamaji)博士(日本東京大學教授),開始與台大名譽教授甘俊二博士、醒吾科大教授張煜權博士為首所組成的SRI 研究群合作,在台南後壁區推動台灣在地化的SRI工作。

Norman Uphoff.pngEiji Yamaji.png
國外專家至台灣指導SRI 之推動。左圖最右為Norman Uphoff 博士(地點為台南後壁)。右圖為山路永司(Eiji Yamaji)博士(地點為台北關渡)


西元2010 年至2012 年三年間,行政院農業委員會曾撥經費推動「強化水稻用水栽培體系SRI 可行性評估及其對水資源之影響計畫」之試驗研究,成果證明可增加稻穀產量和達到節省灌溉水的效益。依據2012 年該會公布之數據顯示,試驗區稻作每年每公頃平均收穫量,施行SRI 農法之前後分別自7.0 公噸增至10.0 公噸,可謂成果豐碩。

民間社團主導之SRI 研究及推廣成果



西元2013年,民間企業家劉清繁先生因緣際會,由甘俊二教授處獲知SRI農法對於改善台灣農業益處,遂獨自資助前述SRI研究群,開始發展台灣SRI 標準化作業。首先,延續之前甘教授團隊在台南後壁區的研究,並將益生菌導入SRI農法中,此舉突破國際SRI慣用做法,自此開創台灣獨有的SRI 模式,是台灣農業一大里程碑!

西元2016年,劉清繁先生與甘教授有感於時間的迫切性,有必要成立專門研究單位,加速SRI農法在地的推廣,故號召農業相關專業人士,成立SRI 保育型農業環境學會(Conservation Agriculture - System of Rice Intensification, 以下簡稱CA-SRI),並由劉清繁先生擔任首屆理事長。

台北市七星農田水利研究發展基金會(以下簡稱:七星基金會)在台灣SRI農法推廣歷程中一直扮演重要角色,該基金會周師文董事長與莊光明執行長一致認為,應該承續SRI之研究工作,並將其導入台北市七星農田水利會灌區,以利益轄內的農民。故自2014 年起,由七星基金會出資委託社團法人台灣農業工程學會,並結合相關協力單位,如CA-SRI學會、社團法人台灣農業工程學會等,執行「都會型農田水利會灌區成立SRI 稻米產銷專區之研究」(2014)、「強化稻作栽培體系Taiwan SRI 與友善環境模式之試作─台北地區」計畫(2015~2016),先後以台北市七星農田水利會北投區段洲美段灌溉區,以及北投區豐年段灌區(即關渡平原區),各圈定1 公頃面積,進行SRI 田間試驗及推廣。



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媒體採訪「Taiwan SRI 與友善環境模式之試作計畫」受訪代表由上而下分別為:台北市七星農田水利研究發展基金會莊光明執行長、以及CA-SRI學會劉清繁理事長。


西元2016 年在關渡平原試作成果,經農委會桃園區農業改良場協助分析發現,除了蛋白質以外,穗數、每穗粒數、稔實率、千粒重、單位面積產量以及食味值評分,SRI 試作區比鄰近慣行農法區皆有較好的成果。



SRI 農法創新版—益生菌的施用


益生菌應用於SRI農法肇始於2013年劉清繁先生所資助的SRI研究群,研究人員認為台灣水田土壤酸化嚴重,應該鼓勵農民少用化肥,並以益生菌來增強水稻根系的發展,此觀念隨即應用於現地操作,試驗結果發現施用益生菌,有引導稻作產生質變與量變,以及友善環境的潛力。


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推行SRI 農法同時施用益生菌實況。

西元2016 年,七星基金會委託CA-SRI學會在推行SRI 農法期間,學會理事長劉清繁先生所帶領之繁葵集團轄下甘泉大地公司持續無償提供新研發的益生菌配方,將其施作於SRI試驗田,除了保留國際SRI 農法的優點外,尚有節水、節肥、節藥的成效。農民為了避免益生菌隨灌溉水溢流,自發性減少30%以上的水量(後來關渡平原SRI 試驗成果技術移轉至新竹農田水利會芎林地區水稻田,也有同樣的結果出現)。


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SRI農法加益生菌施作(右)與慣行農法(左)對稻穀生產的影響比較。

西元2016年末,七星基金會與CA-SRI學會所組成的團隊(以下簡稱:SRI團隊)在12月「全國水論壇」會議中,便針對SRI 在關渡之試驗成果提出報告,向政府建言應該加以大力推廣。盼藉由公開分享SRI 整合型農法,達到產量增加、品質改善提高稻米市場價格,以及減少灌溉用水,降低抽取地下水的電費成本,為農民創造最高利益。會後數日,SRI團隊與雲林灌區農民接洽,與會農民認同SRI農法,因此SRI團隊決定將此農法推廣至雲林地區,並在2017年第一期稻作進行更大面積的試驗。


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七星農田水利基金會暨SRI團隊,在「全國水論壇」中建議政府大力推廣SRI。


SRI農法的奇蹟—2017 梅雨水患的省思

西元2017 年6 月台灣發生嚴重的梅雨水患,全台農業損失嚴重。以雲林縣為例,全縣約有3 千多公頃即將收成的一期水稻,出現嚴重倒伏之情形,造成巨大損失。反觀由SRI團隊在雲林地區進行的SRI 試驗田區(計有二崙、虎尾、斗南、竹山、田心、竹圍、久安等七區),除了極少數稻株略有倒伏之外,近乎毫髮無損!同樣的立地條件與天候狀況,SRI 農法和慣行農法二者的比較,高下立判。


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2017年雲林地區SRI 稻田與慣行稻田之比較,明顯看出施行SRI 農法的稻稈更為粗壯(下圖),經得起強風吹襲(上圖)。

SRI團隊迫切的希望,政府相關單位能極力推行SRI 農法,讓台灣稻田水稻根系發育更趨健康,稻桿更加粗壯,便不容易倒伏;提升抗颱能力,保障農民辛苦結晶,也減少相關單位費力勘災卻又愛莫能助的境況。更何況,推動SRI 農法的好處還有節水、節肥、節藥以外,稻作產量與品質也向上提升,增加農民收益、減少食安意外的好處。而省下的農業用水讓農田水利會有更多水量進行調配,亦可移轉支援民生或工業用水。這種多贏多利、一舉數得的美事,著實值得政府相關單位加以重視。


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2017 年雲林地區水患後SRI 耕作田與慣行農法田之比較。右為SRI 耕作田挺立依舊,左為慣行農法田倒伏嚴重。























後記:在台灣推廣SRI並非易事,首先感謝引進此農法的伯樂莊光明主席 (CTCID主席暨七星農田水利研究發展基金會執行長),並一路幫助與支持至今;感謝伯樂CA-SRI劉清繁理事長(繁葵集團董事長),憑一己之力,長期資助台灣SRI的研究,堪為企業家之典範;感謝伯樂周師文董事長(七星水利會會長暨七星農田水利研究發展基金會董事長)全力支持與經費協助台北灌區SRI推廣;感謝七星農田水利研究發展基金會全體董監事長期支持與鼓勵。

*. 本文、圖主要摘自莊光明先生著作 只問耕耘: 我的農田水利傳  一書,業經莊先生本人授權刊登。

台灣海洋細菌的研究之番外篇(5).青青校樹之芭樂蓮霧

青青校樹     萋萋庭草     欣霑化雨如膏
筆硯相親     晨昏歡笑     奈何離別今朝…
這首歌是上一個世紀的那個保守年代,學生畢業時唱的歌,但末學對歌詞有些不明瞭!

*………………………………………………………………………*

話說很久以前,台灣中、小學各級學校的校園樹木略顯單調(專業地說是多樣性低了點),榕樹、鳳木、樟樹、大王椰子等大概是主流,因為它們都是綠色的,所以叫青青校樹?(其實也有很多變葉木!)但為什麼不種果樹呢?非得要萋萋庭草?這是末學百思不解的。其實,在校園種果樹有非常多的好處(應該可以寫一篇專業學術論文!),最重要一點是學生會很開心。為了滿足莘莘學子的渴望,這首畢業歌當年被改為:青青校樹,芭樂蓮霧,鳳梨西瓜攏有…….(其它記不得了!)

長大後,才明瞭原來大學校園是有果樹的,但是要在大間的學校才比較容易找到。其實,這間末學待了很長時間的學校,因為有園藝系、農藝系和農場的關係,果樹是有的,當然作物(如水稻、高梁、玉米)亦不在話下,只是它們被控管(不知加了什麼藥?呵研究用的麻!),無人控管的大概就是本研究所前湖邊的那棵蓮霧樹及行政大樓側邊的橄欖樹,它們跟末學發生了親密的關係。

研究生時期,老闆的辦公室視野遼濶,手扶著鐵窗往外望去,可以鳥那一片微綠的醉月湖面,立於湖中那座橋聯接的涼亭顯得格外突,稍微瞭解的人,縱使在大熱天,也會有思緒才下眉頭,但寒意卻上心頭的感覺。在靠近本所的湖邊角落處,有一棵不知多久前就存在的土蓮霧,雖然這種果樹年內可以多次開花結果,但令人印象深刻是暑假時,大雨伴隨大量落果,經學生踩踏及烈日曝曬後,發出的酸臭味道。




紅色箭頭所即是土蓮霧樹,之前景觀未改造前,它更靠近湖邊。


鄉下來的孩子吃慣了山珍野味,在欉尚青 這個概念是深植內心的。當年初遇這土蓮霧時,滿心歡喜,自忖:這大城市的校園竟有如此這般的好物,不摘個幾顆祭祭五臟廟,太說不過去了。雖然粒粒有蟲,但也阻止不了品嚐的意途。滋味如何?如預期為酸>>甜。隨著對校內環境瞭解,下一期的果實就不再採摘了。為什麼?因為湖的周圍有化學系,理學院學生實驗室等等,所以末學不再跟自己身體過不去。



紅色箭頭所指這排樹,如果没記錯,應該有橄欖樹。



記得上研究所的第一年九月,學長說他發現校園內有橄欖,提議摘幾個來吃看看,於是揪了三個人,騎上腳踏車來到行政大樓旁的橄欖樹下,趁月黑風高,上樹摘下一袋的果實,帶回男十二舍(早已拆掉,大概在凝態館位址)。試吃結果,除了澀之外,只有些許想像中的味道。眾人想了想就醃製吧!學長去研究室取了五公升的三角瓶,洗淨瓶子和果實,放入大把鹽和一包二砂,瓶口封好。經過月餘,該是試吃的時候了,於是召集宿舍內環工所、數學所、漁科所、海洋所等代表,但皆無人敢吃,只有學長他吃了,問他味道如何?突見他眉頭一皺回說:太好吃了啊!但您們相信嗎?案情太不單純了。最後,這些醃果還是進了垃圾桶,讓三角瓶回到該去的地方!

印象中,在植物系或園藝系曾見過土芭樂,但因尚未成熟,未曾摘下來試吃,怕蓮霧之事會重演。如果無污染,校園種果樹不是很好嗎?蓮霧、芭樂年內可以結果多次,善加利用,校園可以充滿歡樂的!

詩曰:
蓮座花開君不睬
霧霾眼朦眾卻迷
芭蕉扇動人速墜
樂極悲生天難啟


註:《青青校樹》是中文畢業歌曲,翻譯自日語畢業歌曲《仰げば尊し》。當年是畢業季伴隨眼淚必唱的曲子。




科學農業 -- 智慧型灌溉 (台南官田區)

台灣的降雨時間分配顯著不均,豐枯季分明,使得水資源調配不易。依目前氣候變遷之情勢觀察,近十餘年有年平均降雨量呈現旱、澇加劇及頻 繁 的現象,且不確定性增高,影響農業灌溉用水之營運甚鉅。 台灣農業用水包括灌溉、養殖及畜牧等三項。早期之農業用水係以水稻灌溉為主,惟 ...